Der seit 1990 amtierende Generaldirektor Wilfried Seipel führte das Haus 1999 als erstes in die Vollrechtsfähigkeit, 2001 folgte die Angliederung des Völkerkundemuseums und des Österreichischen Theatermuseums. Die wohl größte internationale Präsenz erlangte das KHM durch den spektakulären Diebstahl der "Saliera" am 11. Mai 2003, die erst am 21. Juni 2006 gefunden wurde.
Kaiserliche Sammlungen unter einem Dach
Das von Gottfried Semper und Karl von Hasenauer errichtete Gebäude an der Ringstraße wurde am 17. Oktober 1891 eröffnet und vereint die meisten der kaiserlichen Sammlungen unter einem Dach. Die acht Sammlungen, die zum Teil auch in der Neuen Burg und im Schloss Schönbrunn untergebracht sind, umfassen Objekte aus dem alten Ägypten, der Antike, dem Mittelalter und der Neuzeit bis etwa 1800.
Die Gemäldegalerie des Hauses geht bis auf die Mitte des 17. Jahrhunderts zurück. Erzherzog Leopold Wilhelm erwarb während seiner Statthalterschaft in den Niederlanden an die 1.400 Bilder, vorwiegend venezianische Malerei der Renaissance (Tizian, Veronese, Tintoretto) sowie Hauptwerke flämischer Meister des 15. bis 17. Jahrhunderts (Van Eyck, Rubens, Van Dyck).
Umfangreiche Antikensammlung
Die Ägyptische Sammlung entstand aus Ankäufen, Schenkungen und Grabungen im 19. und 20. Jahrhundert. Der Grundstock der orientalischen Sammlung ist dem 1908 gestorbenen Forschungsreisenden Eduard Glaser zu verdanken.
Die aus habsburgischem Besitz hervorgegangene Antikensammlung gehört zu den bedeutendsten ihrer Art. Die Bestände reichen von der bronzezeitlichen Keramik Zyperns aus dem 3. Jahrtausend v. Chr. bis zu slawischen Funden aus der Zeit um 1000 n. Chr.
Aus den Ausgrabungen österreichischer Archäologen bei Ephesos (Türkei) kamen 1895 bis 1906 zahlreiche wertvolle Funde nach Wien. Viele Stücke konnten erst 1978 im Ephesos-Museum der Neuen Burg präsentiert werden.
Teppiche, Münzen, Instrumente
Die Kunstkammer geht vor allem auf Kaiser Rudolf II. zurück. 1921 wurde die Tapisseriensammlung mit ihren rund 800 Wandteppichen angegliedert. Das Münzkabinett umfasst mit seinen rund 700.000 Objekten aus drei Jahrtausenden nicht nur Münzen, sondern auch Papiergeld, Medaillen und Orden.
Weiters gibt es eine Sammlung alter Musikinstrumente, die Hofjagd- und Rüstkammer, die geistliche und die weltliche Schatzkammer mit den Insignien des Heiligen Römischen Reiches sowie die Wagenburg in Schönbrunn.
Mehrere Außenstellen
Auch das Lipizzaner-Museum in der Stallburg wird vom KHM betrieben, ebenso die Außenstelle auf Schloss Ambras oberhalb von Innsbruck, wo u. a. die Sammlungen von Erzherzog Ferdinand II. und die Habsburger-Porträtgalerie zu sehen sind.
2001 wurden auch das in der Neuen Burg befindliche Völkerkundemuseum und das Österreichische Theatermuseum im Palais Lobkowitz in den Verband des Kunsthistorischen Museums eingegliedert.
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